在第三批学习实践科学发展观活动整改落实阶段，财政部会计师事务所学习实践活动指导小组和中国注册会计师行业党委坚持“党员职工受教育、科学发展上水平、利益各方得实惠”的目标要求，紧紧围绕贯彻落实国务院办公厅转发财政部《关于加快发展我国注册会计师行业的若干意见》，着力解决制约行业发展的突出问题，整改工作和长效机制建设取得显著成效。
在学习实践科学发展观活动前两个阶段，全国会计师事务所共查找问题3．5万个，初步解决1．6万个。为进一步推动有关问题特别是深层次问题的解决，财政部组织对全国会计师事务所查找出的问题，进行全面汇总梳理和反复筛选，最后确定了当前制约行业发展的20个突出问题。
针对20个突出问题，财政部组织相关部门和事务所代表共同研讨，提出了一系列解决办法、措施和思路。为确保实现整改落实的长效化，财政部针对业内反映集中的业务收费、组织形式、分所管理、人员注册、职业道德等问题，集中制发了一系列规范性文件，用制度推动整改，用制度保障整改，建立起业务整改和事业发展的长效机制。
在着力解决会计师行业突出问题的过程中，财政部紧紧围绕经济社会发展和各项改革事业对注册会计师行业服务的新需求，采取以下五项措施积极指导和推进事务所提高发展质量和服务能力：
--发布指导意见，全面指导事务所为医药卫生体制改革提供各项专业服务；
--组织开展新业务领域拓展的研究、指导和培训，推进事务所业务转型升级，为转变经济发展方式、提升经济增长质量提供专业支持；
--加强高端人才培养，实现会计审计准则与国际准则的持续全面趋同，助推行业国际化发展；
--推进内地会计师事务所从事H股企业审计业务试点工作，拓宽事务所服务内地企业境外上市和投融资通道，扩大内地事务所的国际影响力；
--继续推进事务所做大做强战略，鼓励优质事务所合并联合扩大规模，截至2009年底，通过合并已有16家事务所年业务收入超过3亿元。
与此同时，财政部把加强会计师行业党建，特别是建立健全事务所基层党组织作为学习实践活动的重要目标。在100多天的时间里，事务所党组织覆盖率由学习实践活动之前的20%迅速提高，基本达到全覆盖，探索建立了在各级党委统一领导下，行业主管部门直接领导，依托行业协会党组织，进一步加强对会计师事务所党建工作领导的行业党建工作管理体制，形成了有利于党务与业务两结合、两促进的行业科学发展机制。
